Partiomuseo perustettiin 21.2.1962 Varsinais-Suomen Partiotyttö- ja Partiopoikapiirien johtajien kokouksessa FT Rafael ”Raffu” Helangon ehdotuksesta. Läsnä olivat partiojohtajat Rafael Helanko, Eeva Laurén, Angelique Troupp, Aarno Stauffer, Aku Leino ja Marja Margelin. 1963 perustettiin Turun Partiolaiset ry ja museotoiminta siirtyi sen hoidettavaksi.
Näyttelytoiminnan alkuna voi pitää kesällä 1974 Turun linnassa järjestettyä partiohistoriallista näyttelyä. Sen avasi Verneri ”Louhisusi” Louhivuori. Näyttelyyn tutustui arviolta 100 000 linnassa vieraillutta.
Ensimmäinen museotila, Vähä-Heikkilän kuninkaanlatokartanon kellaritupa vuokrattiin Turun kaupungilta 1974 ja sen avajaiset olivat marraskuussa 1975. Museota hoiti Turun Pyhän Yrjänän Kilta, kiltamestarina ja museonhoitajana Ilmari Rinne. Mukana olivat myös Fredrikagillet ja Turun Partiolaiset – Scouterna i Åbo ry. Museon hallituksen puheenjohtajaksi tuli Raffu Helanko ja museonhoitajana jatkoi Ilmari Rinne.
Toukokuussa 1979 perustettiin museolle kannatusyhdistys, Partiomuseoyhdistys – Scoutmuseiföreningen (ry 12/1980), jonka puheenjohtajaksi valittiin Raffu Helanko. Hän otti vastaan 1980 myös museonhoitajan tehtävät. Samana vuonna saatiin Turun kaupungilta vuokrattua uudeksi museotilaksi Pyhän Katariinan Kirkkoaukion laidalla sijaitseva Kuikkulan talon väentupa, joka oli kolme kertaa vanhaa museorakennusta tilavampi. Kuikkulassa näyttely avattiin huhtikuussa 1980. Partiomuseon tunnus on mukailtu Kuikkulan talon isännän Jaakko Matinpojan (1775) puumerkistä. 1981 yhdistyksen puheenjohtajaksi valittiin Eino ”Eikka” Leiniö.
Vuodesta 1983 Partiomuseoyhdistys on ollut Suomen Partiolaiset – Finlands Scouter ry:n B-jäsen.
Museonhoitaja, ”museon henki”, Raffu Helanko kuoli äkillisesti 1986. Museonhoitajan tehtävät annettiin työjaostojen vetäjien muodostamalle hoitokunnalle, jonka puheenjohtajana toimi Eikka Leiniö.
1988 alkaen museo on rakentanut väliaikaisia näyttelyitä partiotapahtumiin ja -leireille partiohistoriaa esitelläkseen. Tietokoneaikaan museo siirtyi 1989.
Kuikkulan tilojen käydessä 1990-luvun alussa ahtaiksi oli pakko etsiä uusia tiloja museolle. Ratkaisu löytyi syksyllä 1995 Raunistulasta. Valtion kiinteistölaitoksen hallinnassa ollut entisen Barkerin kutomon johtajan koristeellinen asuinrakennus vapautui. Muutto Kuikkulasta uusiin avariin tiloihin Virusmäentielle toteutui 1995-1996 vuodenvaihteessa.
Yhdistyksen pitkäaikaisen puheenjohtaja Eikka Leiniö ilmoitti 1995 halunsa luopua tehtävästään ja syyskokouksessa 1996 valittiin puheenjohtajaksi Kalevi ”Kale” Kuusinen.
Museonhoitajana toimi 1996 – 2002 Eero ”Cicero” Ahtikari ja hänen jälkeensä Yrjö ”Yrjänä” Nenonen. Kun 2002 syyskokouksessa Kale Kuusinen ei ollut enää käytettävissä puheenjohtajaa valittaessa, kokous valitsi uudeksi puheenjohtajaksi vuoden 2003 alusta Yrjö ”Yrjänä” Nenosen.
Varapuheenjohtajaksi ja museonhoitajaksi valittiin Teemu ”TTH” Helin. Seuraavana vuonna
muodostettiin kolmen hengen museonhoitajisto, jossa yhdistyksen puheenjohtaja hoiti kokousasiat, Teemu ”TTH” Helin kiinteän näyttelyn ja Seppo ”Sepe” Sundell tekniset asiat.
Virusmäentien kiinteistön omistussuhteet muuttuivat eikä vuokrasopimusta uusittu.
Ryhdyttiin taas etsimään tilojen osalta uutta ratkaisua. Partiopiirin Läntisellä kadulla olevaa kiinteistöä alettiin saneerata ja samassa yhteydessä museolle tarjottiin siitä toimitiloja pitkäaikaisella vuokrasopimuksella. Nykyisen museotilan ja Partiokeskuksen avajaisia vietettiin 18.5.2005. 10 vuotta myöhemmin museo sai vuokrattua lisää varastotilaa saman rakennuksen katutasosta ja sinne laajennettiin museon varastotilaa.
Partion 100-vuotis juhlavuoden 2007 aikana Suomen Partiomuseon kiertonäyttely matkasi Turusta Kuopioon, Lahteen, Tampereelle, Lappeenrantaan, Kaarinaan, Vaasaan, Ouluun ja lopuksi Helsinkiin. Sen arvoitiin tavoittaneen lähes 40.000 kävijää.
2014 julkaistiin museon 50-vuotiskirja: Partiomuseon viisi vuosikymmentä 1962 – 2012.
Toimittuaan 14 vuotta yhdistyksen puheenjohtajana Yrjänä Nenonen ilmoitti 2016 syyskokouksessa luopuvansa tehtävästään seuraavan vuoden jälkeen. 2017 syyskokous valitsi uudeksi puheenjohtajaksi Nina ”Niilo” Hännikäisen. Yhdistyksen sääntöjen päivittäminen aloitettiin 2019.
Väliaikaisten museonäyttelyidemme, joiden kausi meillä alkoi siis jo 1988, toistaiseksi pohjoisin paikkakunta on Kemijärvi. Kesällä 2019 Partiomuseolla oli siellä Lapin Partiolaisten piirileiri Kajahuksella pop up -museo ja syksyllä myös Evolla Johtajatulien yhteydessä. Museoon Turussa ja pop up -museoihin tutustui vuoden 2019 aikana yhteensä 1966 kävijää.