Museota ylläpitää Suomen Partiomuseoyhdistys, jonka ylintä päätösvaltaa käyttävät yhdistyksen kokouksissa yhdistyksen jäsenet. Yhdistyksellä on jäseniä ympäri Suomea ja sen jäsenmäärä on noin 320 (vuonna 2020).
Yhdistyksen varsinaisia jäseniä ovat vuosijäsenet ja ainaisjäsenet, joiksi voi liittyä jokainen yhdistyksen tarkoitusta kannattava yksityinen henkilö. Yhdistyksen kannatusjäseneksi voi liittyä yhdistyksen toiminnan tukemisesta kiinnostunut oikeuskelpoinen yhteisö. Kunniajäseneksi yhdistyksen varsinainen kokous voi hallituksen esityksestä kutsua yhdistyksen tarkoituksen edistämisessä erikoisen ansioituneen henkilön. Muut paitsi kunniajäsenet maksavat yhdistykselle jäsenmaksua, jonka syyskokous vuosittain määrää.
Yhdistyksen asioita hoitaa syyskokouksen valitsema hallitus, johon kuuluvat puheenjohtaja, varapuheenjohtaja ja 6 muuta varsinaista jäsentä sekä 3 varajäsentä.
Suomen Partiomuseosäätiö rs. omistaa museon kokoelman ja kaluston. Partiomuseoyhdistys on säätiön perustajajäsen.
Koko toimintamme perustuu vapaaehtoistyöhön. Museolla ei ole palkattua henkilökuntaa. Museoyhdistyksen hallitus johtaa museon toimintaa. Museon työt ja kokoelma on ositettu jaostoihin, jotka kukin työskentelevät puheenjohtajansa johdolla. Jos olet kiinnostunut ja innostunut toiminnastamme, olet tervetullut joukkoomme. Lisäksi museolla tarvitaan asiantuntijoita erilaisiin tehtäviin, hekin ovat vapaaehtoisia. Alavalikoissa on esiteltynä jaostojen toimialoja, asiantuntijatehtäviä sekä organisaatiomme.